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In den vier Jahren seiner Regierungszeit wandte sich der junge Erzbischof von der bisherigen, konfessionellen Toleranz ab und führte planmäßig die Rekatholisierung im Mainzer Kurstaat durch. Christen evangelischen Bekenntnisses mußte das Erzsstift verlassen oder zur katholischen Form des Christentums konvertieren. Johann Adam von Bicken erlaubte, unter dem Einfluss des Zeitgeistes stehend, die Durchführung von Hexenprozessen. Er wurde im Dom zu Mainz begraben.