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Schon früh muss St. Alban in Mainz in den Besitz der Büdesheimer Kirche gekommen sein. Die Zehntrechte erwarb St. Alban 1181 im Tausch gegen die Flonheimer Kirche vom Augustinerchorherrenstift Flonheim, doch muss auch St. Stephan gewisse Zehntrechte in Büdesheim besessen haben, zumindest auf einem seiner dortigen Höfe. Mit Kloster Rupertsberg gab es im 14. Jahrhundert Streit um den Zehnten auf einer Naheinsel, die sich bis in die Büdesheimer Gemarkung erstreckte.
Erstmals erwähnt wird die Büdesheimer Kirche im Jahr 1184. Damals gehörte sie dem Kloster St. Alban, auch das Patronat stand diesem Mainzer Kloster zu. Die Parrkirche war dem hl. Aureus und dem hl. Justin geweiht. Sie gehörte zum Dekanat Partenheim und stand unter dem Archidiakonat des Propstes von St. Maria im Felde zu Mainz. Später bei der Neueinteilung des Erzbistums in Landkapitel kam die Pfarrei zum Algesheimer Landkapitel, bei dem sie bis zur Auflösung des Erzbistums verblieb.
Die heutige katholische Pfarrkirche entstand 1756 an der Stelle des alten Gottesgebäudes. 1865 wurde ein Mittelschiff angebaut und der Chor und die Seitenschiffe vergrößert. Der Turm stammt aus dem Ende des 12. Jahrhunderts.