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Die Gemarkung des späteren Dorfes Selzen scheint schon in römischer Zeit besiedelt gewesen zu sein. Als man 1935 die Selz regulierte, fand man in der Nähe des Bahnhofs mehrere römische Grabsteine.
Der alte Weinbauort erscheint im Jahr 782 in den Schriftquellen. Allerdings lassen Gräberfunde aus der jüngeren Steinzeit, der Römer und der Frankenzeit darauf schließen, dass das Gebiet schon früher besiedelt war.
Während des Mittelalters gehörte Selzen zum größeren Teil dem Wormser Domstifts. 1453 übergaben die Wormser die Hälfte ihres Besitzes in Selzen dem Pfalzgrafen bei Rhein. 1792 fiel der gesamte Besitz an Kurpfalz. Damit endete für die Ortsbewohner die Pflicht, den "Zehnten" an die Wormser Kirche zu entrichten. Die alte Zehntscheune steht noch heute neben der evangelischen Kirche.
Im Jahr 1797 fiel Selzen im Zuge der französischen Eroberungszüge an die französische Republik. Nach dem Abzug der Franzosen wurde Selzen im Jahr 1816 in die neu gegründete Provinz Rheinhessen eingegliedert und gehörte fortan zum Großherzogtum Hessen. Bei der 1852 erfolgten Einteilung Rheinhessens in Landkreise wurde Selzen dem Kreis Oppenheim zugeschlagen, bis man diesen 1938 auflöste und die Ortschaften auf die Kreise Mainz, Alzey und Worms verteilte. 1945 kam Selzen dann zu Rheinland-Pfalz und gehört heute zum Landkreis Mainz-Bingen.