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Wallertheim wird urkundlich zuerst 1250 erwähnt. Wallertheim hieß in früheren Jahren auch Waldirtheym (1305), Waldtheym (1312), Walderthem (1335), Watterdum (1576) und im 17. Jahrhundert Wallerthumb. Gegründet sein dürfte Wallertheim, wie alle „-heim“-Orte in fränkischer Zeit, also irgendwann zwischen dem 5. bis 8. Jahrhundert.
Wallertheim gehörte ursprünglich zum Herrschaftsbereich der Grafen von Leiningen. Auch die Wild- und Rheingrafen waren in der Gemarkung begütert. Neben den Herren von Dhaun hatten um 1600 auch die Herren von Erbach (Erbacher Hofgut) Grundbesitz im Ort.
Wallertheim war ehemals, wie die meisten Dörfer der Umgebung, von einem Dorfetter und einem tiefen Graben umgeben. Noch im Jahr 1700 wurde der Graben in seiner Breite und Tiefe erhalten, war es bei Strafe verboten, einen Steg (Brett) darüber zu legen. Die Pforten (Stegpforte, Beckelumer Port), wurden nachts und bei gefahr geschlossen. Später wurde der Dorfgraben mit Effen bepflanzt. Heute sind leider keine Überreste dieses Dorfgrabens mehr vorhanden.
Die Kriegsereignisse des 30-jährigen Krieges (1618-1648) führten dazu, das Wallertheim um 1635 nahezu entvölkert war. Die Bewohner flüchteten zum nahe gelegenen Wißberg und versteckten sich im Wald. Andere fanden Aufnahme im Nachbarort Vendersheim.
Als zu Ende des 2. Weltkrieges am 19. März 1945 alliierte Truppen die Gemeinde besetzten, wurden sechs Menschen getötet und zahlreiche Gebäude durch Artilleriebeschuss beschädigt.