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Biebelnheim taucht erst im 12. Jahrhundert in den Urkunden auf. Nach seinem Lehnsverzeichnis besaß Werner II. von Bolanden im Jahr 1190 zahlreiche Güter in der Gemarkung, die er allerdings vom Speyerer Bischof zu Lehen trug. Das Dorf selbst gehörte ursprünglich samt der Vogtei den Grafen von Leiningen.

Biebelnheim fiel später an die Herren von Hohenfels und von diesen an das Mainzer Erzstift. 1391 vertauschte der Erzbischof Biebelnheim gegen Dromersheim bei Bingen mit dem Pfalzgrafen bei Rhein. Nach der pfälzischem Erbvertrag von 1444 kam Biebelnheim 1457 für kurze Zeit an Ludwig den Schwarzen, Pfalzgrafen von Zweibrücken, mußte aber 1471 wieder an die Kurlinie der Pfalzgrafschaft abgetreten werden. Biebelnheim im Oberamt Alzey blieb bis zur französischen Okkupation bei Kurpfalz. Im Mittelalter befanden sich im Ort ein Pilgerspital und eine Bruderschaft "Zu Unserer Lieben Frau", welchen von 1354 an wiederholt Zuwendungen gemacht wurden. König Ruprecht von der Pfalz befreite am 20.5.1403 das Gotteshaus und den Almosen samt ihren Gütern von jeglichen Steuern und Abgaben. Anfang des 16. Jahrhunderts hatte das Spital Einkünfte in Biebelnheim, Weinheim, Spiesheim, Blödesheim, Bechtolsheim, Dittelsheim, Dorn-Dürkheim, Freimersheim und Heimersheim.