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Zum ersten Mal wurde 1299 in einer Urkunde in Gau-Köngernheim eine mittelalterliche Kirche erwähnt. Über frühere Kirchen hat man bis heute noch keinerlei urkundliche Erwähnungen, wenn sie vorhanden waren, dann hatte man sie sicherlich in der Nähe des merowingischen Reihengräberfriedhofes gebaut. Die mittelalterliche Kirche von 1299 stand breits an dem Platz, wo auch die heutige evangelische Kirche zu finden ist. In der zweiten Hälfte des 14.Jahrhunderts baute man unter dem Grafen Veldenz und mit der Stiftungsgabe von Ruprecht I von Randeck und seiner Frau, eine neue Kirche. Von diesem  Bau sind , neben dem Sakramentshäuschen, noch zwei kleinere Fenster in der Westwand der heutigen Kirche, das Portalgewand, ein gotisches Fenster an der Ostseite und der Eingang zur Sakristei erhalten geblieben. Diese Kirche hatte man der Auferstehung Christi geweiht und sie bekam 1413 einen Altar, welcher dem Hl. Nikolaus geweiht wurde. In den Zwanziger Jahren des 16.Jahrhunderts renovierte man diese alte Kirche und baute eine Muttergottesnische ein. 1542 wurde Köngernheim lutherisch und man vergrößerte 1616 das Langhaus. Etwa Ende des 17. Jahrhunderts führte man das Simultaneum ein und die Kirche wurde oft für Gottesdienste der Franziskaner aus Oppenheim genutzt. 1700 baute man von katholischer Seite her eine neue Sakristei, die sehr viel tiefer als die heutige lag und bemalte die Chordecke. 180/61 wurde die Sakristei von den Katholiken erneut umgebaut. Auch 1896/97 führte man Renovierungsmaßnahmen durch. Die Kirche war in der Zwischenzeit immer mehr von den Katholiken des Ortes in Beschlage genommen worden. Der Plan der Protestanten für sich ein neues Gotteshaus zu errichten, wurde vom Kreisamt Oppenheim nicht genehmigt. Der Streit um die Kirche zwischen Katholiken und Protestanten wurde sogar gerichtlich fortgeführt. 1925 bekam die Simultankirche zwei neue Glocken und einen neuen Dachreiter und erst 1923 wurde sie evangelisch. Die Katholiken baute sich eine eigene katholische Kirche und bauten dort den Hochaltar der alten Simultankirche ein. Auch die Muttergottesfigur fand ihren Platz darin. In der nun evangelische Kirche mauerte man das Sakramentshäuschen zu und renovierte die Kirche. Nach einem Brand 1963 war es notwendig geworden, der Kirche einen neuen Altar und einen neuen Chor zu gestalten. 1987 renovierte man ihre Außenwände.