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St. Johann hieß früher Megelsheim und hat seinen heutigen Namen wohl im 15. Jahrhundert von seiner dem hl. Johannes dem Täufer geweihten Kirche angenommen. Der Ort kam mit Sprendlingen von den Raugrafen an die Herren von Sponheim und von diesen an die Markgrafschaft Baden und Kurpfalz, die bis 1707 eine Samtherrschaft (Kondominat) führten. Dann fiel der Ort ganz an Baden. Er wurde bis zum Ende des 18. Jahrhunderts vom badischen Amt Sprendlingen aus verwaltet.

"Die turmlose dreischiffige Pseudobasilika, Johannes dem Täufer geweiht, entstand frühestens ab 1350. Die Wallfahrtskirche mit den wesentlich niedrigeren Seitenschiffen sollte offenbar ursprünglich nach Westen zeigen. Es blieb jedoch bei vier Jochen. Der Grund könnte den Tod eines Mitgliedes der Kreuznacher Linie der Grafen von Sponheim, der Stifterfamilie, sein. 1770 wurde ein Dachreiter angebracht, der 1965 durch einen schlanken achtseitigen ersetzt wurde. Die Malereien wurden bei der Renovierung 1913 entdeckt. Das seit dem 16. Jahrhundert  bestehende Simultaneum wurde 1898 aufgegeben, seitdem ist die Kirche evangelische." (Strube)