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St. Stephan ist nach dem Dom der größte Kirchenbau in Mainz. Die Kirche gilt als erste gotische Hallenkirche am Mittelrhein und ist eine der schönsten gotischen Kirchen der Region.
Der heute bestehende Bau, der in einer Hauptbauphase zwischen 1290 und 1338 errichtet wurde, hatte bereits einen Vorgänger. Dieser war von Erzbischof Willigis zwischen 975 und 992 auf zwei Meter hohem Schutt einer römischen Wohnsiedlung als Stiftskirche erbaut und geweiht worden. Von diesem Bau stammen noch die Untergeschosse der heutigen Kirche. In St. Stephan wurde der am 23. Februar 1011 verstorbene Stiftsgründer Willigis beigesetzt. Sein Grab ist allerdings bis heute nicht gefunden worden.
Der alte Willigisbau war 1257 schwer beschädigt worden. Zwar wurden zu seiner Wiederherstellung bereits seit 1257 Ablässe erteilt, doch mit dem Neubau konnte erst 1290 begonnen werden. 1338 war der Bau teilweise fertiggestellt, das Obergeschoss des Turms war erst 1495 vollendet, der Kreuzgang (begonnen 1461) im Jahr 1499.
Das Äußere der dreischiffigen Hallenkirche ist eher schlicht. Vom 66,3 Meter hohen Turm hat man den besten Blick über Mainz, den Rheingau und nach Rheinhessen. Bis in das Jahr 1911 befand sich dort eine Türmerwohnung als Brandwache für die Stadt. Nach der Aufhebung des Stiftes im Jahre 1802 wurde St. Stephan in eine Pfarrkirche umgewandelt. Die "Pulverturmexplosion" im Jahre 1857, als ein mit Pulver der preußischen und österreichischen Garnison angefüllter Turm der ehemaligen Stadtbefestigung in die Luft flog, zog die Kirche stark in Mitleidenschaft. 1942 und 1945 erlitt St. Stephan durch die Bombardements der Alliierten erneut schwerste Beschädigungen. Am Ende des Krieges war die Kirche völlig ausgebrannt, nur die Außenmauern und Säulen waren noch erhalten. In der Nachkriegszeit konnte die Kirche allmählich wieder aufgebaut werden: 1961 wurde eine erste Restaurierungsphase abgeschlossen, der Kreuzgang war erst 1968/70 fertiggestellt, die Außenrestaurierung des Westturmes 1983 vollendet. Die Wölbung des Langhauses im Inneren der Kirche konnte bis heute nicht wieder hergestellt werden.
In jüngster Zeit ist St. Stephan durch die von Marc Chagall (1887-1985) seit den 70er Jahren gestalteten Kirchenfenster bekannt geworden.