Mithilfe etymologischer Ortsnamenforschung kann die Entstehung von Lykershausen in die Zeit zwischen dem 9. und 12. Jahrhundert eingeordnet werden. Schriftlich wurde es erstmals 1110 als „Lyggershusen“ erwähnt. In dieser Urkunde schenkte der damalige Propst der St. Martins Basilika in Worms, Richwin, seinem Stiftskapitel diverse Besitzungen und Einkünfte, unter anderem den sogenannten Zehnten von Lykershausen. Das heißt, dass das Stiftskapitel von nun an berechtigt war, eine etwa zehnprozentige Steuer von den Bewohnern des Ortes zu erheben, entweder in Form von Geld oder Naturalien.

Innerhalb des 14. Jahrhunderts baute das Kurfürstentum Trier seinen Einfluss immer weiter auf die rechtsrheinischen Gebiete aus. 1357 gliederte der Trierer Erzbischof und Kurfürst Balduin die Orte Osterspai, Wellmich und das als „Leuchterschen“ bezeichnete Lykershausen in sein Oberamt Boppard ein. Bis ins Jahr 1803 bewahrten seine Nachfolger die Landeshoheit.

Über das Leben der Bewohner von Lykershausen ist wenig überliefert. Vermutlich handelte es sich hauptsächlich um Bauern, die verschiedenen adeligen Herren unterstanden. So besaßen beispielsweise das Kloster Marienburg von Boppard und das Adelsgeschlecht der Herren von Schöneck Besitz im Ort.

Im Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) erfuhr Lykershausen wie fast alle umliegenden Dörfer großes Leid durch die umherziehenden Truppen, Seuchen und Hungersnöte. In einem Bericht des Archidiakons von St. Castor in Treis-Karden ist festgehalten, dass im Jahr 1681 nur noch acht Familien in Lykershausen wohnten. Die Einwohnerzahl erholte sich zunächst nur langsam; auch 1789 zählte Lykershausen nur 25 Anwohner*Innen, 1815 jedoch bereits wieder 130.

Trotzdem schaffte das dezimierte Dorf es, seine im Krieg zerstörte Kapelle schon 1680 wieder zu errichten. Nachdem diese innerhalb des 19. Jahrhunderts immer weiter verfiel, wurde 1886 die noch heute zu sehende katholische Kirche St. Johannes 1886 gebaut. Kirchenrechtlich war Lykershausen lange Zeit dem Pfarrbezirk Kamp-Bornhofen zugeordnet, obwohl der Ort knapp fünf Kilometer entfernt ist. Seit 1914 gehört Lykershausen zur Pfarrei des Nachbarorts Dahlheim, der auch Kestert und Prath angehören. Seit 1864 besaß der Ort eine eigene Schule, bis diese im 20. Jahrhundert durch die größeren Schulen der Umgebung abgelöst wurde.

Im Jahr 1803 wurde der Ort im Rahmen der territorialen Neuordnung durch den Reichsdeputationshauptschluss dem Fürstentum Nassau-Weilburg zugeteilt. Im Wiener Kongress 1815 wurden Lykershausen und 34 andere Gemeinden dem Herzogtum Nassau einverleibt, welches wiederum im preußisch-österreichischen Krieg 1866 vom Königreich Preußen annektiert worden war. Es war zunächst der Provinz Hessen-Nassau zugeordnet und ab 1885 dem neu gegründeten Kreis Sankt Goarshausen.

Zu Beginn des 21. Jahrhunderts wohnten 160 Menschen in Lykershausen.[Anm. 1]

1921 versiegte der Brunnen der Gemeinde, weshalb die heute als Sehenswürdigkeit erhaltene Alte Wasserpumpe errichtet wurde. Sie war von 1925 bis 1968 in Betrieb.

Wie genau sich die beiden Weltkriege und der Nationalsozialismus auf den Ort auswirkten, ist noch nicht erforscht. Lykershausen wurde am 26. März 1646 von US-amerikanischen Truppen eingenommen. Nach beiden Weltkriegen lag Lykershausen in der jeweiligen französischen Besatzungszone.

Seit 1946 gehört Lykershausen zum neugegründeten Bundesland Rheinland-Pfalz und seit 1972 zur Verbandsgemeinde Loreley.